Das Ziel ist es, den betroffenen Zahn in seiner Funktion zu erhalten und einen bakteriendichten Wurzelkanal zu hinterlassen, von dem keine weitere Infektion mehr ausgehen kann.
Die Wurzelspitzenresektion ergänzt in der Regel die herkömmliche Wurzelkanalbehandlung mit Wurzelkanalfüllung, wenn mit dieser nicht der gewünschte Erfolg erzielt werden konnte. Sie stellt oftmals die einzige Möglichkeit dar, einen stark beschädigten Zahn erhaltend zu therapieren.
Außerdem bietet sich eine Wurzelspitzenresektion an, wenn aufgrund eines stark gekrümmten, entzündeten oder verschlossenen Wurzelkanals, keine Wurzelkanalbehandlung möglich ist. Auch nach einem Zahnunfall, wenn das letzte Drittel der Wurzelspitze gebrochen ist, wird in der Regel eine Resektion empfohlen, um komplizierten Entzündungen des Zahns vorzubeugen.